PCがSleep状態から復帰した直後に、「SDカードに書き込みが行えないため、バックアップを停止しました。」のメッセージが表示されました。その後、バックアップ再開メッセージとともにバックアップ処理が行われるようですが、このまま放置して問題ないでしょうか。

Sleep状態からのSDカードスロットの復帰状態によっては、このような現象が発生することがあります。