次のように操作します。
SMSメッセージ画面でスレッドを選択→削除するメッセージを長くタッチ→［メッセージを削除］→［はい］をタップします。

※複数削除する場合はSMSトップでメニューキー→[複数のメッセージを削除]を選択します。