DPT-S1でドキュメントに付けたハイライトや付箋メモ等をページ単位やファイル単位で一括で削除することはできますか？

一括で削除することはできません。
ハイライトや手書きはツールボックスを表示させて消しゴムを選択して対象を削除します。
付箋メモは、対象のメモを選択してポップアップメニューの削除を実行します。